Der Nikkei rutschte um 0,61% ab und schloss bei 32.189,73 Punkten. In einer volatilen Sitzung stieg der Index am Morgen um 0,53% und fiel am Nachmittag um 1%.
Seit dem 33-Jahres-Höchststand von 33.753,33 in der Vorwoche hat der Index 4,63% nachgegeben.
Von den 225 Komponenten des Nikkei-Index fielen 150, während 73 zulegten und zwei unverändert blieben.
Der Energiesektor war der einzige Sektor, der nach dem Anstieg des Rohölpreises um 2 $ auf ein Neun-Wochen-Hoch am Freitag zulegen konnte, während der Grundstoffsektor seine anfänglichen Rückgänge wieder wettmachte und unverändert schloss. Die Aktien des Gesundheitswesens waren mit einem Minus von 1,34% die größten Verlierer.
Der breiter gefasste Topix rutschte um 0,51% auf 2.243,33 ab.
Der Nikkei war seit Mitte März um 27% gestiegen und hatte in der vergangenen Woche sein Hoch erreicht. Am Donnerstag fiel er zum ersten Mal seit drei Monaten unter den vielbeachteten 25-Tage-Durchschnitt.
"Ob sich der Nikkei in kurzer Zeit wieder über den gleitenden 25-Tage-Durchschnitt erholen kann, ist ein zentraler Punkt für den Markt", sagte Nomura Securities-Stratege Maki Sawada.
Sie fügte hinzu, dass die US-Aktienfutures für die japanischen Händler an diesem Tag ein wichtiger Anhaltspunkt waren.
Die S&P 500 E-mini-Futures deuteten auf einen um 0,48% niedrigeren Neustart hin, nachdem der Index am Freitag um 0,29% gesunken war.
Die Aktie mit der schlechtesten Performance im Nikkei war Yaskawa Electric , die um 3,44% einbrach, nachdem sie zu Beginn der japanischen Gewinnsaison enttäuschende Finanzergebnisse vorgelegt hatte.
Die Automobilhersteller entwickelten sich ebenfalls unterdurchschnittlich, nachdem die japanische Währung am Freitag um 2 Yen gegenüber dem Dollar zugelegt hatte, was den Wert der Auslandsumsätze senkte.
Nissan verlor 2,55%, während Honda um 1,72% nachgab.
Die Aktien von Chip-Herstellern gaben ebenfalls nach: Tokyo Electron büßten 1,5% ein und Advantest fielen um 2,5%. (Berichte von Kevin Buckland; Bearbeitung durch Savio D'Souza und Sohini Goswami)