NanoString Technologies, Inc. hat die Veröffentlichung neuer Daten bekannt gegeben, die mit dem CosMxo Spatial Molecular Imager (SMI) erzeugt wurden. Diese Daten wurden aus in Formalin fixierten, in Paraffin eingebetteten (FFPE) menschlichen Leberproben gewonnen und zeigen die erstklassige Datenqualität des CosMx SMI. Der Datensatz unterstreicht die hohe Sensitivität des CosMx SMI mit der Fähigkeit, durchschnittlich 1.150 Transkripte pro Zelle zu erkennen und zu quantifizieren und die biologischen Erkenntnisse durch die Erkennung von 676 einzigartigen Genen zu maximieren.

Der Datensatz steht auch für die hohe Spezifität von CosMx SMI, mit mehr als 99% der identifizierten Zählungen auf den Zielgenen. CosMx SMI ermöglicht die hochauflösende Darstellung von mehr als 1.000 RNA- und über 64 Proteinanalyten in morphologisch intakten Gewebeschnitten. Das CosMx-Instrument ermöglicht es Forschern, die Gen- und Proteinexpression in frischem gefrorenem und FFPE-Gewebe in Einzelzell- und subzellulärer Auflösung zu visualisieren und zu quantifizieren.

Durch die Verwendung eines multimodalen Ansatzes, einschließlich Protein-Imaging, liefert CosMx SMI eine erstklassige Zellsegmentierung. Diese hochkomplexe In-situ-Analyse ermöglicht es Forschern außerdem, in einem einzigen Experiment Zelltypisierungen, Zellstatus-, Funktions- und Zell-Zell-Interaktionsanalysen durchzuführen und hochauflösende Zellatlanten zu erstellen. NanoString hat das CosMx SMI zur Charakterisierung von FFPE-Lebergewebe von Patienten mit normalem und hepatozellulärem Karzinom verwendet.

Die CosMx-Daten der menschlichen Leber liefern subzelluläre Expressionskarten von 1.000 Genen und einen Einzelzell-Gewebeatlas, der jede Zelle im Gewebe als einen von 18 einzigartigen Zelltypen kategorisiert. Der vollständige Datensatz besteht aus über 800.000 Einzelzellen und ~700 Millionen Transkripten sowie einem Einzelzell-Gewebeatlas für einen ~180 mm2 großen Bereich des Lebergewebes. Die hochkomplexe Analyse lieferte tiefe Einblicke in die Zell- und Gewebeveränderungen, die bei Krebs auftreten, einschließlich der Infiltration verschiedener Immunzellen.