Bionano Genomics, Inc. Bionano Genomics, Inc. gibt die Veröffentlichung einer Studie bekannt, die sich mit den Herausforderungen bei der Erkennung und Interpretation von kausalen Varianten bei Mendelschen Krankheiten befasst
Am 14. September 2023 um 14:00 Uhr
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Bionano Genomics, Inc. gab die Veröffentlichung einer Studie bekannt, in der die Herausforderungen im Zusammenhang mit dem Nachweis und der Interpretation von kausalen Varianten bei Mendelschen Krankheiten anhand einer Kohorte von 4.577 Familien untersucht wurden. Die Autoren der Studie führten eine umfassende Analyse von Proben aus der Kohorte durch, bei denen nicht auf Sequenzierung basierende Probleme auftraten, und analysierten dann die Proben mit Hilfe von Exom-Sequenzierung (ES), Ganzgenom-Sequenzierung (WGS), chromosomalem Microarray (CMA) und optischem Genom-Mapping (OGM) neu. Sie stellten fest, dass allein durch die Bewältigung dieser Herausforderungen die diagnostische Ausbeute an kausalen Varianten um etwa 71 % gesteigert werden konnte, und unterstrichen die Notwendigkeit eines gründlichen Ansatzes bei nicht diagnostizierten Krankheiten. Die Autoren der Studie analysierten und interpretierten 314 Proben mit negativer klinischer Exom- oder Genomsequenzierung mit einer Kombination aus traditionellen und neuen Techniken neu und konnten in 54,5 % der Proben die wahrscheinlich ursächliche Variante identifizieren.
OGM wurde verwendet, um Proben zu analysieren, die nach der ES negativ geblieben waren, und war besonders relevant für den Nachweis großer Varianten, die unterhalb der Nachweisgrenze der CMA lagen. Die Nützlichkeit der OGM wurde in einem Fall von Stammbaumstruktur veranschaulicht, bei dem die Forscher Herausforderungen im Zusammenhang mit Imprinting-Störungen untersuchten, die scheinbar autosomal rezessive Phänotypen sind. OGM wurde verwendet, um drei pädiatrische Fälle von Split-Hand/Fuß-Missbildungssyndrom zu analysieren, nachdem Karyotypisierung, ES und RNA-Sequenzierung keine kausale Variante identifizieren konnten.
Die OGM ergab eine Tandemduplikation, die sich in allen drei Fällen auf mehrere Gene auswirkt und auf einen väterlichen Gonadenmosaizismus hinweist. Zusätzlich zu diesem Befund berichteten die Autoren über weitere Fälle, in denen die OGM zur Klärung von hochkomplexen Strukturvarianten aus mehreren Klassen eingesetzt wurde.
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Bionano Genomics, Inc. ist ein Genomforschungsunternehmen. Das Unternehmen bietet optische Genomkartierungslösungen (OGM) für Anwendungen in der Grundlagen-, translationalen und klinischen Forschung an. Über Lineagen, Inc. bietet das Unternehmen auch diagnostische Tests für Patienten an, deren klinisches Erscheinungsbild mit Autismus-Spektrum-Störungen und anderen neurologischen Entwicklungsstörungen übereinstimmt. Es bietet auch eine plattformagnostische Softwarelösung an, die Sequenzierungs- und Microarray-Daten integriert, um die Analyse, Visualisierung, Interpretation und Berichterstattung von Kopienzahlvarianten, Einzelnukleotidvarianten und fehlender Heterozygotie im gesamten Genom in einer konsolidierten Ansicht zu ermöglichen. Darüber hinaus bietet das Unternehmen Lösungen für die Nukleinsäureextraktion und -aufreinigung unter Verwendung der firmeneigenen Isotachophorese (ITP)-Technologie an. Das Unternehmen vermarktet und vertreibt OGM-Systeme, darunter das Saphyr-System, das OGM-Daten liefert, die einen hochempfindlichen und hochspezifischen Nachweis aller Klassen von Strukturvariationen (SV) ermöglichen.
Bionano Genomics, Inc. Bionano Genomics, Inc. gibt die Veröffentlichung einer Studie bekannt, die sich mit den Herausforderungen bei der Erkennung und Interpretation von kausalen Varianten bei Mendelschen Krankheiten befasst