Die Anklagen könnten eine Geldstrafe von fast 17 Milliarden Pesos ($17,17 Millionen) nach sich ziehen, so die Oberaufsichtsbehörde für Umwelt (SMA).
Los Bronces ist eine der größten Kupferminen Chiles mit einer Produktion von 255.000 Tonnen im vergangenen Jahr und ein Schlüsselprojekt für Anglo American, das ein Übernahmeziel des größeren Rivalen BHP ist.
Anglo American hat nicht sofort auf eine Bitte um einen Kommentar reagiert.
Eine Anklage wurde als "sehr schwerwiegend" eingestuft, die höchste von drei Stufen für Verstöße, die auf eine Sanktion aus dem Jahr 2014 zurückgehen.
Damals stellte die SMA fest, dass Anglo American Sur, die lokale Einheit, die Los Bronces betreibt, es versäumt hatte, die sauren Abwässer in der Abraumhalde Esteriles Donoso zu beseitigen, die für die Aufnahme von Minenabfällen vorgesehen ist.
"Das Unternehmen hat keine endgültige Lösung implementiert ... es handelt sich um eine Wiederholung von Handlungen, die zuvor sanktioniert wurden", sagte die SMA in einer Erklärung.
Die Aufsichtsbehörde hat außerdem zwei Anklagen in der mittleren Kategorie "schwerwiegend" erhoben.
Das Bergbauunternehmen hat 15 Tage Zeit, um ein Milderungsprogramm vorzulegen, und 22 Tage, um die Anschuldigungen anzufechten.
($1 = 989,9000 chilenische Pesos)